中心校区
原吉林大学，是新中国成立后由中国共产党亲手创建的第一所综合性大学。1955年5月，著名的马克思主义理论家、教育家、社会活动家匡亚明来校任校长兼党委书记。同年9月，匡亚明校长提出了学校要形成和发扬“高度的社会主义政治空气；高度的社会主义学术空气；高度的社会主义文明空气；高度的社会主义体育文娱空气”。这“四种空气”成为鼓舞全校师生员工前进的精神动力。1958年8月，东北人民大学划归吉林省领导，更名为吉林大学
1960年，国家正式批准吉林大学为重点综合性大学。1978年，著名的教育家、科学家、中国科学院院士唐敖庆出任校长。1979年，唐敖庆校长在《光明日报》上发表文章，全面论述把重点大学建设成为教育与科研“两个中心”，成为新时期学校各项工作的重要指导思想。
南岭校区
原吉林工业大学，前身是长春汽车拖拉机学院。955年9月26日，长春汽车拖拉机学院举行开学典礼，正式宣告学院成立。1958年11月，长春汽车拖拉机学院下放由吉林省领导，更名为吉林工业大学。1960年，学校被国家批准为全国重点高等院校。
1997年11月，国家正式批准学校“211工程”建设可行性报告，吉林工业大学成为首批进入国家重点建设的高校之一。1998年9月，学校成为教育部直属院校。至2000年6月合校前，学校经历了40余年的风雨历程，已发展成为以汽车、农机为优势和特色工、管、理、文相结合的多学科全国重点大学，成为中国汽车工业和机械工业培养高层次人才的重要基地之一。
南湖校区
原长春邮电学院，前身是东北邮电学校。为支援解放战争，加速恢复与建设东北解放区邮电通信，1947年3月10日，东北邮电管理总局根据中央指示，在黑龙江省佳木斯市创建了东北邮电学校。首任校长由东北邮电管理总局局长陈先舟兼任。1947年冬，学校迁到哈尔滨。1948年10月，又奉命迁至长春。1953年4月，更名为长春邮电学校。
1979年1月，长春邮电学校改建为长春邮电学院，实行地方与邮电部双重领导。1990年10月，学院召开第四次党代会，为学院实施和完善以教学为中心，教科产三结合的办学模式，促进学院各项事业快速发展奠定了思想基础和组织保障。至2000年6月合校前，这所作为中国东北地区唯一一所信息通信类工科高等学校，为国家培养了一批又一批信息通信类人才。
朝阳校区
原长春科技大学，前身是东北地质专科学校。1951年12月1日，东北地质专科学校正式成立。首任校长由中国科学院副院长李四光兼任。1952年，全国高等学校院系调整时，以东北地质专科学校为基础，由山东大学地质矿物学系、东北工学院长春分院地质系和物理系的一部分，合并组成东北地质学院。
1996年12月，长春地质学院更名为长春科技大学。1997年3月，长春地质学校正式并入长春科技大学。至2000年6月合校前，学校经过近50年的建设和发展，为国家培养了大批矿产资源普查、勘探、开采、保护和综合利用方面的人才，并丰富了中国地球科学的理论研究。
新民校区
原白求恩医科大学,前身是晋察冀军区卫生学校。为适应抗日战争的需要，晋察冀军区卫生部决定在医务训练队基础上筹建卫生学校。国际主义战士、加拿大共产党员、著名的胸外科医师诺尔曼•白求恩直接参与了学校的创建工作。1939年9月18日，晋察冀军区卫生学校在河北省唐县牛眼沟村正式成立。首任校长江一真。1940年1月，为了学习和纪念白求恩，学校更名为白求恩学校。
1945年10月，学校奉命迁至张家口。1946年6月，白求恩学校与张家口医学院合并，命名为白求恩医科大学。1984年10月，学校召开第四届党代会，确定了学校现代化医科大学的发展方向。至2000年6月合校前，这所创建于抗日烽火中学校，历经了60余年的发展和建设，为国家培养了大批医学人才，造就了许多著名的医学专家，取得了丰硕的科研成果。
和平校区
原中国人民解放军军需大学是由中国人民解放军兽医大学几经改建而来，其办学历史可追溯到清朝末期开办的北洋马医学堂。甲午战争失败后，清王朝日渐衰落，不得不“变法”立新，兴办洋务，建立学堂。1904年12月1日，北洋马医学堂在河北保定正式成立。
1953年1月，中国人民解放军第二兽医学校与解放军第一、第三、第四兽医学校合并组建中国人民解放军兽医大学。首任校长由总后兽医局副局长任抟九兼任。
1962年1月，学校交还军队，复名为中国人民解放军兽医大学。1992年8月，学校改建为中国人民解放军农牧大学。1999年4月，学校改建为中国人民解放军军需大学。2003年11月，学校移交地方。
至2004年8月并入吉林大学前，学校见证了百年的沧桑岁月，成为了一所以军事兽医教育和军事后勤教育为特色，为国家培养了大批高素质军事后勤人才的高等军事学校。
